Родился 24 сентября 1961 года в Гатчине. Окончил режиссерский факультет СПГАТИ (курс И.Б.Малочевской) в 1996 году.
Его имя стало известно еще по студенческим работам - «Женитьбе» Н.В.Гоголя, «Запискам из подполья» Ф.М.Достоевского и по дипломному спектаклю «В ожидании Годо» С.Беккета, поставленному в Театре на Крюковом канале. Эта постановка была названа «событием года» и отмечена высшим призом за режиссуру на петербургском фестивале «Рождественский парад».
По окончании Театральной Академии Ю.Н.Бутусов был приглашен на постоянную работу в театр им.Ленсовета, где его первой постановкой стал «Войцек» Г.Бюхнера (1997), отмеченный петербургской театральной премией «Золотой софит». Спектакль участвовал в Международных театральных фестивалях Франции, Германии, Швеции, Чехии, Польши, Италии, был номинирован на Всероссийскую Национальную премию «Золотая маска». В 1997 году на сцене театра была сделана новая редакция спектакля «В ожидании Годо». Постановка получила Всероссийскую Национальную премию «Золотая маска» в номинациях «Лучший режиссер» и «Приз критики и театральных журналистов». Последующими спектаклями на сцене театра были «Калигула» А.Камю, «Клоп» В.Маяковского, «Вор» В.Мысливского, «Старший сын» А.Вампилова (номинация на «Золотую маску»).
В 1998г. Ю.Н.Бутусов был награжден Международной Премией К.С.Станиславского в номинации «Лучшая режиссерская работа сезона» за постановку спектакля «Сторож» Г.Пинтера в Театре на Литейном.
В 2001 поставил антрепризный спектакль «Смерть Тарелкина» по пьесе А.Сухово-Кобылина. В 2008 - спектакль «Человек=Человек» по пьесе Б.Брехта «Что тот солдат, что этот» в Александринском театре.
Последние годы много и успешно работает в Москве. Поставил спектакли: «Макбетт» Э.Ионеско, «Ричард III» и «Король Лир» У.Шекспира, «Чайка» А.Чехова, «Отелло» У.Шекспира (театр «Сатирикон»), «Воскресение. Супер» братьев Пресняковых (Театр-студия п/р О.Табакова), «Гамлет» У.Шекспира, «Иванов» А.Чехова (МХТ им.Чехова), «Мера за меру» У.Шекспира (Театр им.Вахтангова), «Добрый человек из Сезуана» Б.Брехта (Театр им.Пушкина). Ставил спектакли в Южной Корее («Войцек» Г.Бюхнера, «Чайка» А.Чехова, National Theatre of Korea, г.Сеул), Польше ("Собачий вальс" Л.Андреева, театр Wybrzeże, Гданьск), Норвегии («Преступление и наказание» Ф.Достоевского, «Ромео и Джульетта» У.Шекспира, Hålogaland Teater, г.Тремсе) и Болгарии («Утиная охота» А.Вампилова, Театр Ивана Вазова, София).
Неоднократно становился лауреатом премии «Чайка».
Лауреат Национальной театральной Премии «Золотая Маска» в номинации «Драма / Работа режиссера» за постановку спектакля «Чайка» в московском театре «Сатирикон» (сезон 2010/2011).
Лауреат премии «Хрустальная Турандот» в номинации «За лучшую режиссуру» за постановку спектакля «Добрый человек из Сезуана» в московском театре им.Пушкина. Спектакль «Добрый человек из Сезуана» - лауреат Международной премии Станиславского в номинации "Событие сезона".
С февраля 2011 года - главный режиссер театра им.Ленсовета